У вас в каталоге и в самом магазине цена верная стояла? В платеже нет разбивки на 2 суммы? Судя по их ответу, они намекнули на настройки сделанные вами. Обычно если проблема реальная, то они разбираются.
Нет настроек никаких нет, так как РРЦ производителя. У нас задвоилась карточка при загрузке, у одной верная цена, у другой ниже. Грузим товары из YML, так как их более 1000 позиций, никогда не меняем руками настройки, так как это нереально.