По второму - у яндекса есть понятие невыкуп и возврат - в ваш случае, как я понял, был возврат (т.к. покупатель физически получил свой заказ) - в этом случае яндекс берет все комиссии. ( это прописано в офорте).
По третьему - вы сами привезли заказ в ПВЗ
