Выходит, что НДС уже входит в указанные Яндексом тарифы. Если написано, что обработка в ПВЗ стоит 25 рублей, то НДС внутри этих 25 рублей, а не сверху. И еще выходит, что вы не читали справку, в которой написано четко когда Яндекс рассчитывает свою комисс